Nevíme, kdy se sv. Cyril narodil. Předpokládá se, že to bylo kolem r. 370. Z jeho díla se dá usuzovat, že získal velké vzdělání. Za životní povolání si zvolil duchovní stav. Nejdříve byl mnichem. R. 403 - už jako kněz - doprovázel svého strýce, alexandrijského patriarchu Teofila, na známou synodu „U dubu“, která neprávem odsoudila sv. Jana Zlatoústého do vyhnanství. R. 412 nastoupil Cyril po svém strýci na alexandrijský patriarchální stolec. Zároveň dostal větší moc, než jakou měl před ním Teofil. Alexandrijský biskup mimo moc nad kněžstvem dostal totiž i moc světskou. Cyril se s mladistvou rozhodností snažil vyřešit všechny problémy, ale mnohdy zacházel příliš daleko.
Ihned po nastoupení do funkce uzavřel novaciánské chrámy v Alexandrii a novaciány vyhnal z města.
Alexandrijští obyvatelé měli obvzlášťní zálibu ve sporech. Jak se jim jen naskytla příležitost, dopouštěli se téměř neuvěřitelných činů. Lid se neuklidnil, dokud netekla krev. V té době vznikla hádka mezi židy a křesťany kvůli divadlu, na které se židé šli podívat v sobotu. Když pak alexandrijský prefekt Orestes oznamoval svá nařízení, přišel tam i Cyrilův přítel Hierax. Orestes nenáviděl moc biskupů a podněcován židy dal Hieraxa v divadle zatknout. Když se to patriarcha dozvěděl, zavolal si židovské předáky a pohrozil jim trestem, budou-li útoky proti křesťanům opakovat. Židé však začali vymýšlet pomstu. A tak se jedné noci seběhli ze všech míst města a začali křičet, že hoří alexandrijský chrám. Když se křesťané sbíhali, aby chrám zachránili, napadli je židé meči a koho dopadli, toho zabili. Když se to biskup dozvěděl, naléhal na prefekta, aby zasáhl. Protože Orestes váhal, vtrhl Cyril do židovské čtvrti a vyhnal židy z Alexandrie. To vyvolalo velké nepřátelství mezi prefektem a patriarchou. Oba psali císaři Teodósiovi II. Císař se přiklonil k Cyrilovi a zakázal židům bydlet ve městě. Biskup se pak chtěl smířit s Orestem, ale ten to odmítl. Nato mu patriarcha podal knihu evangelií. Ani to však prefekta neobměkčilo, a tak došlo k dalším pohromám.
R. 415 se někteří revolučně naladění mniši z hory Nitris rozhodli bojovat za Cyrila. Kolem pěti set mnichů si počíhalo na prefekta, který se vezl na voze. Začali mu nadávat, a protože si mysleli, že si jich nevšímá, jeden z nich - Ammonius, jej uhodil kamenem do hlavy. Když pak přišli lidé z Alexandrie, prefekta osvobodili a Ammonia zajali. Ten při mučení zemřel. Biskup vzal Ammoniovo tělo a pohřbil ho pod jiným jménem. Přitom mrtvého vychválil jako mučedníka. Čestnější lidé ale Cyrilův skutek neschvalovali. To však nebylo to jediné.
V Alexandrii žila žena, jménem Hypatia. Byla to velice vzdělaná filosofka, která často rozmlouvala s Orestem. Proto ji lidé začali obviňovat, že znemožňuje smíření biskupa s prefektem. Jednou si na ni počíhali, shodili ji z vozu, svlékli z ní šaty, rozdrásali její tělo ostrými střepy, pak jí uťali údy a nakonec ji spálili. Tento zločin poskvrnil pověst Cyrila i alexandrijské církve.
V krátké době nato se stala tato událost: Židé chytili jednoho křesťana, kterého přivázali na kříž. Vysmívali se mu a potom jej tak dlouho bili, až při mučení zemřel. Po této události psal patriarcha císaři, který dal pachatele potrestat a Oresta sesadit.
Cyril chtěl v těchto událostech vždy jednat co nejlépe, ale ne vždy se mu to podařilo. Mnoho kázal a snažil se slovem nastolit v Alexandrii pokoj. Byl též neúprosným bojovníkem proti každé herezi.
R. 429 začal cařihradský patriarcha Nestor hlásat, že Panna Maria neporodila Boha, ale jen člověka. Proto není Bohorodičkou, ale jen Kristorodičkou. Bůh Slovo se podle něj spojil s člověkem Ježíšem od samého momentu početí jen milostí a přebýval v něm tak jako v chrámě.
Cyril poznal blud a napsal Nestorovi, biskupům a mnichům mnoho listů, ve kterých tuto nauku rozhodně odmítl. Když jej Nestor začal pomlouvat u císařského dvora, napsal Cyril apologetické listy přímo císaři Teodósiovi II. Kromě toho se obrátil i na papeže Celestína, aby v tomto vážném sporu rozhodl. Celestín svolal r. 430 do Říma synodu, která uznala Cyrilovu pravověrnost a Nestora vyzvala, aby své bludy odvolal. Synoda pověřila Cyrila, aby se postaral o uplatnění jejího rozhodnutí. Ten proto na alexandrijské synodě sestavil dvanáct anatemat a žádal, aby je Nestor odpřisáhl. Ten, protože cítil podporu syrských teologů, se proti anatematům ostře postavil. Na konečné rozhodnutí svolal císař Teodósius II. r. 431 koncil do Efezu. Nestor se dostavil do města se šestnácti biskupy. Přišel také Cyril s padesáti biskupy, ale antiochijský patriarcha Jan se ve stanovený čas nedostavil. Též papežští legáti se pro zlé námořní cestování opozdili. Cyril se rozhodl nečekat na opozdilce, o kterých předpokládal, že se nedostaví, a koncil zahájil. Nestor viděl, že jeho oponenti mají převahu, a proto odešel z koncilu a prohlásil, že se na něj nevrátí, dokud nepřijde antiochijský patriarcha Jan. Na koncilu bylo Nestorovo učení odsouzeno jako bludné. Kromě toho byl Nestor sesazen a vyobcován z Církve.
Situace se vyostřila, když se do Efezu dostavil patriarcha Jan. Ten se nepřipojil ke koncilu vedenému Cyrilem, ale svolal vlastní koncil, na kterém Cyrila odsoudili a sesadili. Ba na jejich podnět byl Cyril uvržen do vězení. Když pak dorazili papežští legáti, připojili se k Cyrilovu koncilu a vyslovili exkomunikaci nad Janem a jeho přívrženci.
Císař váhal, ke které straně se má připojit. Nakonec se rozhodl proti Nestorovi, kterého dal sesadit z cařihradského biskupského stolce a uvězněného Cyrila dal propustit. Napětí mezi Alexandrií a Antiochií trvalo ještě dva roky. Nakonec obě strany ustoupily ze svých krajních stanovisek a r. 433 dosáhly smíření.
Sv. Cyril dlouhou dobu podezříval sv. Jana Zlatoústého z origenismu. Proto jeho jméno odmítal zapsat do diptychů (tj. církevních vzpomínkových seznamů). Když poznal svůj omyl, což bylo však až po Janově smrti (r. 417), velice toho litoval a od té doby si sv. Jana velmi vážil.
Poslední roky svého života věnoval Cyril pastorační práci a psaní teologických děl. Usiloval především o vysvětlení svých teologických pojmů, aby předešel nedorozuměním. Zemřel r. 444.