Pocházel z významné šlechtické rodiny. V mládí vstoupil do vojska a brzy se stal velitelem Diokleciánovy tělesné stráže. Císař jej měl ve velké oblibě, ale nevěděl o něm, že je křesťanem. Sebastián své funkce využíval k tomu, aby pomáhal svým souvěrcům ve vězení.
V té době byli zajati dva bratři, Marek a Marcelin, křesťané. Na prosbu jejich rodičů jim byla dána třicetidenní lhůta, aby se rozmysleli, zda odpadnou od Krista. Rodiče a manželky s dětmi zavřené bratry přemlouvali a jen Sebastiánova návštěva zabránila jejich odpadu. A když před nimi Sebastián vyléčil z němoty ženu Zoe, uvěřili všichni příbuzní bratrů i přítomný žalářník se dvěma syny.
Po třiceti dnech si povolal prefekt Chromatikus otce bratří k sobě a ptal se jej, jak se synové rozhodli. Ten vypravoval, co se ve vězení stalo. Událost na prefekta zapůsobila tak silně, že se dal pokřtít.
I když se nově obrácení uchýlili na venkov, nedalo se tak velké množství konverzí utajit. Nastalo vyšetřování a mučení. Jako první padla za oběť Zoe. Byla trápena šest dní hladem a pak pověšena nohama na kůl a mučitelé pod ní rozdělali oheň. Stoupající dým ženu udusil. Brzy ji následovali i bratři s rodinami, jejich rodiče i žalářník se syny.
Došlo ale i na Sebastiána. Jistý člověk jej udal císaři, že je křesťanem. To Diokleciána velmi rozhněvalo a přikázal, aby obviněného svlékli ze šatů, přivázali ke sloupu a pak do něj stříleli šípy. Když si vojáci mysleli, že je mučedník mrtev, nechali jej přivázaného u sloupu a odešli.
V noci přišla jistá křesťanka, aby mrtvolu pochovala. Když viděla, že Sebastián ještě dýchá, vytáhla mu šípy z těla a odnesla jej do svého domu, kde ho léčila. Mučedník se brzy uzdravil. Místo toho, aby se zachránil útěkem, předstoupil před císaře. Překvapený Dioklecián poznal svého strážce, ale neuznal boží zásah a rozkázal, aby Sebastiána popravili. Vojáci odvedli odsouzeného na popraviště a tam ho 20.1.305 utloukli železnými sochory. Aby je křesťané nenalezli, hodili mrtvé tělo do stoky. Věřící ale mrtvolu přece objevili a pochovali v katakombách sv. Sebastiána na Via Appia v Římě.