Pocházel z Amaty na ostrově Kypru. Narodil se kolem r. 552. Jeho otec byl knězem. Když Jan dospěl, oženil se a měl několik dětí. Žena a děti mu však brzy zemřely. Jan se rozhodl rozdat celý svůj majetek, stal se knězem a zcela se věnoval dobročinnosti.
Janův hluboký duchovní život a charitativní činnost vyvolaly u lidu obdiv a úctu. Pověst o něm se rozšířila až do Cařihradu a císař Heraklios se jej rozhodl ustanovit melchitským patriarchou v egyptské Alexandrii. Jan přijal tuto vysokou církevní hodnost jen na velké naléhání, ale když se jednou stal patriarchou, všemi silami se staral o duchovní i hmotné potřeby jemu svěřených věřících. Chudobné pokládal za své pány. Dal zhotovit jejich seznam a pravidelně jim rozděloval podpory. Jeho zásluhou bylo vybudováno mnoho sirotčinců a nemocnic. Sám patriarcha však žil co nejskromněji.
Jan sedával pravidelně ve středu a v pátek u chrámových dveří, kam k němu přicházelo mnoho lidí, jejichž prosby řešil. Jednou se patriarcha vrátil s pláčem domů. Když se jej ptali, co se stalo, odpověděl: „Dnes ke mně nikdo nepřišel a já jsem nemohl nic přinést Bohu za své hříchy.“
Jednoho dne mu daroval zámožný měšťan drahocennou pokrývku. Jan však nemohl usnout, soužen myšlenkou, kolik je ve světě ubožáků a on má zbytečnou věc. Druhý den ráno ji rozkázal prodat a stržené peníze rozdat chudým. Když pokrývku prodávali, šel měšťan zrovna kolem. Pokrývku koupil a poslal opět patriarchovi. Jan ji však znovu nařídil prodat. A situace se opakovala. Když už po čtvrté měšťan poslal pokrývku patriarchovi, ten mu vzkázal: „Uvidíme, kdo z nás se dříve unaví, ty či já.“
Kdysi mu děkoval jistý obdarovaný člověk hojnými slovy. Jan jej však přerušil: „Ale, bratře, ještě jsem za tebe neprolil krev jako Kristus za nás.“
Jednou šel patriarcha po městě a daroval jistému žebrákovi almužnu. Žebrák se převlékl a šel prosit opět. Jan jej znova obdaroval, i když ho upozornili, že jde o téhož člověka. Situace se opakovala ještě několikrát. Tu Jan nařídil, aby dali chudákovi dvojnásobné množství peněz.
Kdysi v době neúrody a hladu přišel za patriarchou jeden boháč a nabízel mu mnoho peněz a obilí, ale pod podmínkou, že jej Jan vysvětí na diákona. Ten odmítl se slovy: „Tvá oběť je velká, ale úmysl není čistý. Bůh nám pomůže i bez tvého daru.“ A téhož dne připluly do přístavu dvě lodi s obilím.
Jednoho dne navštívil patriarchu člověk, kterému zloději ukradli všechno jmění. Jan nařídil ekonomům, aby mu dali patnáct liber zlata. Protože však v té době měli sami nedostatek, nedali mu ekonomové patnáct liber, ale pouze pět. Brzy přišla k Janovi žena, která mu přinesla pět set liber zlata. V té chvíli patriarcha pochopil, že jej ekonomové oklamali. Zavolal si je a ptal se jich, kolik chudákovi dali. Oni tvrdili, že patnáct liber. Jan se před nimi zeptal ženy, kolik chtěla původně dát. Ona se přiznala, že tisíc pět set liber, což měla napsáno i na papíře. Když ale papír vzala, nalezla na něm pouze pět set, což považovala za boží znamení, a proto přinesla jen tuto částku. Tu se ekonomové zděsili a zastyděli a prosili světce, aby jim odpustil.
Ekonomové věděli, že mezi ubohými, kteří si chodili pro almužnu, jsou i ti, kteří ji nepotřebují. Proto se ptali patriarchy, mají-li dávat podporu i těmto lidem. Jan jim odpověděl: „Jste-li skutečně Kristovi služebníci a mí věrní sloužící, dávejte tak, jak Kristus nařídil, nehleďte na tváře a život těch, kterým dáváte. Vězte, že ne ze svého dáváte, ale z Kristova. Proto budeme rozdávat, jak nám nařídil. A jestli si myslíte, že církevní majetek nestačí na tak velké výdaje, já se nezúčastním vaší nevěry. Věřím Bohu, že kdyby do Alexandrie přišli ubožáci z celého světa, aby zde dostali almužnu, i tehdy bychom měli dostatek.“
Stejně horlivě jako skutky tělesného milosrdenství konal patriarcha i skutky milosrdenství duchovního. Jednou se ubíral do chrámu. Tu ho zastavila plačící žena a žádala jej o pomoc proti svému zeti, který ji utiskoval. Průvodci jí měli za zlé, že obtěžuje biskupa na ulici. Ten je napomenul: „Nechte ji. Jak by mohl milosrdný Bůh vyslyšet mé modlitby, kdybych já nejdříve nevyslyšel tuto ženu?“
Jeden měšťan se nechtěl smířit se svým nepřítelem. Jan si jej zavolal do chrámu a po prosbě Otčenáše: „Odpusť nám naše viny, jako i my odpouštíme našim viníkům,“ se k němu obrátil se slovy: „Považ, bratře, co ta slova znamenají!“ Měšťan byl tak dojat, že se se svým odpůrcem smířil.
Ve městě bylo zvykem, že lid často vycházel během bohoslužeb z chrámu a venku se hlasitě bavil. Patriarcha jednou přerušil sv. liturgii a oděn do církevních rouch vyšel ven a posadil se u dveří chrámu. Lid se shlukl kolem a tázal se, co to znamená. Jan odpověděl: „Kde jsou ovce, má být i pastýř.“ Oni se zastyděli a již nikdy při liturgii neodcházeli.
Patriarcha si v hlavním chrámě zřídil hrobku, ale tak, aby zůstala nedostavěna. Kdykoli o velkých svátcích šel v biskupském rouchu k oltáři, volal na něj diákon, jak měl nařízeno: „Tvá hrobka ještě není hotova. Rozkaž, ať ji dokončí, neboť nevíš, kdy přijde tvá poslední hodinka.“
Když Peršané obsadili Sýrii a r. 614 Jeruzalém, Jan se staral o utečence a pomáhal jeruzalémskému patriarchovi v obnově vojnou zpustošeného patriarchátu. Když se Peršané obrátili i proti Egyptu a ohrožovali Alexandrii, Jan za pomoci císařského místodržitele odešel z města a odebral se do Cařihradu. Na cestě se loď zastavila v Amatě na Kypru. Zde se Jan těžce roznemohl a 11.11.619 (nebo 620) v rodném městě zemřel. Zde byl i pochován. Později byly jeho tělesné pozůstatky přeneseny do Cařihradu a v druhé polovici 15. st. Matyášem Korvínem do Budína. 23.1.1632 byly převezeny do Bratislavy, do dómu sv. Martina, kde se nalézají dodnes.