Narodil se r. 1592 v Sadoměřském vojvodsví v Malé Polsce. Pocházel z rodu českých rytířů Bobolů. R. 1611 vstoupil ve Vilně k jezuitům. Po vysvěcení na kněze r. 1622 se stal kazatelem a zpovědníkem v chrámě sv. Kazimíra ve Vilně. Působil velmi horlivě a získal mnoho pravoslavných pro katolicismus. Když ve Vilně zuřila morová rána, chodil Ondřej s řeholníky od domu k domu a pomáhal nemocným. Pro svou horlivost byl všeobecně nazýván „svatým mužem“.
R. 1633 byl ustanoven za představeného řeholního domu v Bobrojsku a pak byl poslán do Piňska, aby tam konal misie. Všude měl velký úspěch. Získával mnoho nesjednocených pro katolickou Církev a katolíky utvrzoval ve víře. Nedbal na obtíže, ketré musel při práci překonávat. Často nocoval pod širým nebem a jedl jen kus okoralého chleba.
Pravoslavní jej nenáviděli, přezdívali ho „dušechvatem“ a štvali proti němu mládež. Jeho největšími odpůrci byli nesjednocení popové. Ti, protože se mu nemohli vyrovnat ve vědomostech, štvali proti němu lid.
Tehdejší doba byla plná zmatků. Rusové s Tatary porazili polské vojsko. Kozáci zaplavili Bělorusko a spolu s místními pravoslavnými krutě sužovali katolíky. Desítky kněží a tisíce věřících zaplatily svou věrnost katolické Církvi životem. Když kozáci uslyšeli o horlivém jezuitovi, začali po něm pátrat.
16.5.1657 sloužil Ondřej sv. liturgii ve vesnici Paradylné nedaleko Piňska. Po liturgii se dozvěděl, že jej kozáci hledají. Katolíci mu opatřili vůz, na kterém s jedním spolubratrem ujel. U dvora Mohylny uviděl vozka blížící se kozáky. Seskočil z vozu a utekl do lesa. Ondřej poznal, že mu hrozí smrt. Sestoupil z vozu, poklekl a modlil se. Když se přihnali kozáci, srazili jej k zemi. Ondřej, nedbaje své vlastní tísně, prosil, aby jeho průvodce propustili na svobodu, což se i stalo.
Kozáci dovlekli Ondřeje k blízkému stromu, kde jej do krve zbičovali. Pak ho přivázali provazem za krk ke dvěma koním a hnali jej do Janova, kde ho předvedli před svého setníka. Ten kněze nutil, aby odpadl od katolické Církve, jinak že mu hrozí smrt. Ondřej se nezalekl, ale naopak sám žádal kozáka, aby se vzdal rozkolu a vrátil se do Církve. Setník se rozzuřil, sekl Ondřeje mečem a svalil jej na zem. Pak mu vypíchl dýkou oko. Druhý kozák vyrazil mučedníkovi několik zubů.
Pak přivázali kozáci Ondřeje na stůl a pálili ho smolnými loučemi na prsou. Drali mu kůži, vráželi mu třísky za nehty, vytrhli mu jazyk, uřezali mu nos a uši. Zohaveného mučedníka odvlekli na smetiště a odešli. Když pak několik neohrožených katolíků přispěchalo umírajícímu na pomoc, setník přiskočil a rozťal mu šavlí hlavu.
Zohavené tělo pochovali věřící nejdříve v Janově a později je odevzdali jezuitům v Piňsku. R. 1808 přenesli jeho neporušené ostatky do Polocka a tam je uložili do skleněné rakve. R. 1922 tělo zabavili vojáci Rudé armády a odevzdali je do přírodovědeckého muzea v Moskvě. R. 1924 na žádost papeže Pia XI. bylo tělo předáno do Říma. Když papež Pius XI. vyhlásil v dubnu 1938 Ondřeje Bobolu za svatého, bylo jeho tělo převezeno do Varšavy. Jeho úcta se v Polsku rozšířila tak, že v době varšavského povstání přenášeli jeho tělo podzemními kanály z jedné čtvrtě do druhé, aby nebylo zneuctěno.